Исход АШ зависит от адекватности и своевременности противошоковых мероприятий (при любой форме и тяжести АШ), наличия сопутствующих заболеваний (сердечно-сосудистых, бронхолёгочных и др.). Самые неблагоприятные формы АШ имеют острое, злокачественное, затяжное или рецидивирующее течение; наиболее благоприятны острое доброкачественное и абортивное течение. Смертность от АШ составляет 3-4,3%. Летальный исход чаще наблюдают у пациентов старше 20 лет. Основные причины летального исхода - острая сердечно-сосудистая и дыхательная недостаточность, тромбозы, кровоизлияния в жизненно важные органы.
АШ может быть осложнён гепатитом, миокардитом, невритом, демиелинизирующим процессом и др. У пациентов с перенесённым АШ в анамнезе, не предпринимающих профилактических мер и не получающих патогенетического лечения, повторная анафилактическая реакция, как правило, протекает в более тяжёлой форме.