Лечение ПИД проводится на фоне использования методов изоляции (разобщения) пациентов с источниками инфицирования. Необходимая степень разобщения варьирует от абактериального (гнотобиологического) блока до палаты общего режима, в зависимости от формы ИДС. В период компенсации иммунного дефекта и вне обострения инфекционных проявлений при большинстве форм первичных ИДС строгих ограничительных мер не требуется: дети должны ходить в школу и участвовать в играх со сверстниками, в том числе спортивных. В то же время, очень важно воспитать их некурящими и не подвергать их пассивному курению, и тем более, употреблению наркотиков. Чрезвычайно важны туалет кожи и слизистых оболочек, широкое применение физических методов подавления инфекции.
Пациентов со всеми формами тяжёлой тотальной недостаточности антител и глубоким клеточным иммунодефицитом нельзя прививать живыми вакцинами против полиомиелита, кори, эпидемического паротита, краснухи, ветряной оспы, туберкулёза из-за риска развития вакцинальных инфекций. Паралитический полиомиелит, хронический энцефалит, длительное выделение полиовируса многократно описаны при случайном назначении живых вакцин таким пациентам. В домашнем окружении таких больных также необходимо пользоваться только инактивированной полиовакциной. Наблюдения за ВИЧ-инфицированными детьми показали, что при уровнях CD4-клеток выше 200 в мкл применение живых вакцин безопасно. Тем не менее, вышеуказанные дети неспособны к антительному ответу, поэтому попытки вакцинировать их неэффективны. Применение живых вакцин безопасно при селективном дефиците IgA, кожно-слизистом кандидозе у пациентов с сохранным клеточным иммунитетом на другие антигены, при дефектах фагоцитоза (кроме вакцины БЦЖ) и комплемента. Пациентам с достаточным антительным ответом (например, при недостаточности подклассов IgG, атаксии-телеангиэктазии) можно назначать инактивированные вакцины.