При исследовании препарата важно соблюдать принцип монотерапии - необходимо следить, чтобы пациент во время исследования не принимал другие препараты. Когда состояние здоровья пациента требует дополнительных назначений, их количество чётко фиксируют. Например, в ряде случаев в силу тяжести или негативной динамики состояния некоторых больных ААС необходимо назначение дополнительной терапии (бензодиазепиновых транквилизаторов, антиконвульсантов) по медицинским (а не исследовательским) соображениям. Однако если порядок такого рода назначений стандартизован (например, они осуществляются только раз в 6 ч при превышении индекса тяжести ААС по шкале CIWA), а их объём тщательно протоколируют, то количество сделанных дополнительных назначений может служить важным дополнительным показателем эффективности терапии. Это так называемый симптом-регулируемый протокол (symptom-triggered protocol).
Отличительная черта испытаний новых методов лечения в наркологии - контроль комплайенса. Наркологические больные очень часто не принимают назначенные им препараты и не следуют программе лечения. Для контроля комплайенса было разработано два основных метода: рибофлавиновый маркёр и микрочипы. Рибофлавиновый маркёр представляет собой рибофлавин (витамин группы В), который добавляют как к исследуемому препарату, так и к плацебо. Рибофлавин флюоресцирует при облучении ультрафиолетовым светом, что позволяет легко осуществлять экспресс-контроль его содержания в моче, и соответственно контроль приёма назначенных препаратов. Микрочипы, встроенные в крышку банки с препаратом, устанавливают в тайне от испытуемого; с их помощью регистрируют, сколько раз и когда открывалась банка с препаратом. Учитывать комплайенс важно при проведении клинических исследований в наркологии. В одном из американских исследований было показано, что результаты лечения алкоголизма налтрексоном достоверно различаются в подгруппах больных с хорошим и плохим комплайенсом.