Связь между клиническими проявлениями полигенных заболеваний, каковыми признаны алкоголизм и наркомания, и структурой ДНК пациентов, как правило, изучают с помощью ассоциативного метода. Ассоциативный метод изучения полигенных заболеваний состоит в том, что сравнивают, как часто встречаются те или иные варианты полиморфизма гена в группах пациентов с диагностированным заболеванием, не имеющих родственных связей между собой, и в группе здоровых лиц. Группы нормированы по полу, возрасту и этнической принадлежности.
Полиморфизм гена понимают как наличие в структуре гена вариабельных (полиморфных) участков, структура которых различна в популяции и существует в нескольких вариантах. Каждый вариант представлен в этнически однородной популяции с определённой частотой. В популяциях разных этносов и рас различная частота встречаемости вариантов.
Изменение частоты встречаемости варианта в изучаемой группе по сравнению с частотой встречаемости в популяции служит основанием для предположения о том, что данный ген вовлечён в патогенез заболевания.
Современный уровень знаний в молекулярной биологии не позволяет однозначно связать тот или иной вариант полиморфного локуса с тем или иным состоянием гена, в частности с его экспрессией. С другой стороны, практически очевидно, что присутствие структурных особенностей гена так или иначе отражает и функциональные изменения в работе этого гена. Работы по генетике моногенных заболеваний показали, сколь велик уровень компенсационных возможностей на уровне регуляции экспрессии генов. Информативность ассоциативного метода довольно высока при соблюдении ряда условий. Во-первых, необходима достаточно большая группа (выборка) как пациентов, так и здоровых лиц для адекватного статистического анализа, что обусловлено применяемыми методами популяционной генетики. Во-вторых, важна чистота отбора пациентов в группы на основе верифицированного диагноза.