Этиология и патогенез аденоидов до настоящего времени во многом не ясны. Морфофункциональная организация миндалин в первые 5-7 лет жизни ребёнка подвержена значительным изменениям. У детей до 3 лет функция T-хелперов недостаточна, что не позволяет обеспечить адекватную дифференцировку B-лимфоцитов в плазмоциты и продукцию полноценных антител. Различные факторы (генетические, экологические, инфекционные) могут приводить к нарушениям в иммунной системе. На фоне иммунодефицитного состояния постоянная избыточная антигенная стимуляция (бактериальная или вирусная) приводит к компенсаторному увеличению лимфоидной ткани глотки с развитием лимфоаденопатии. Преимущественное возникновение патологических изменений глоточной миндалины у дошкольников может быть связано с критическим периодом становления иммунологической реактивности ребёнка, наблюдаемым в возрасте 4-6 лет.
Аденоидные вегетации могут быть проявлением особой иммунопатологической предрасположенности детского организма в виде лимфатического диатеза (лимфатизма). В основе лимфатизма лежит наследственная склонность к определённого типа реакциям иммунитета (недостаточность лимфоидной системы), отклонениям обмена веществ или нервно-психической деятельности. Основной признак лимфатического диатеза - истинная гиперплазия лимфоидной ткани с увеличением числа различных по структуре и функциям лимфоидных клеток.
Определённое значение в этиопатогенезе аденоидных вегетаций придают аллергии. В слизистой оболочке и лимфоидной ткани глотки могут возникать аллергические реакции, приводящие к её гипертрофии. Среди аллергизирующих факторов большую роль играют бактериальная и грибковая флора, находящиеся в почве споры, а также пищевая сенсибилизация. Особое значение аллергия имеет в формировании гипертрофии глоточной миндалины у детей первого года жизни. Высокая степень сенсибилизации у детей с патологией глоточной миндалины может приводить к неэффективности оперативного лечения в виде рецидивов заболевания, а также к развитию послеоперационных осложнений, наиболее часто бронхиальной астмы. Влияние на развитие заболевания оказывают наследственный и алиментарный фактор, гиповитаминозы, эндокринные нарушения.