Единой концепции этиопатогенеза мочекаменной болезни в настоящее время не существует. Заболевание принято считать полиэтиологичным, связанным со сложными физико-химическими процессами, происходящими как в организме в целом, так и на уровне мочевыводящей системы, врождённого или приобретённого характера.
Наиболее совершенна коллоидно-кристаллизационная теория, или теория органической матрицы. Возникновение матрицы, или ядра, конкремента происходит в результате выпадения в моче кристаллов, что обусловлено изменениями в кристаллоидно-коллоидном балансе мочи. Имеющаяся ферментопатия или тубулопатия (врождённого или приобретённого генеза) позволяет почкам выделять в повышенных концентрациях некоторые вещества, участвующие в построении камня. Механизм камнеобразования проходит ряд стадий - от насыщения и перенасыщения мочи солями к фазам энуклеации, кристаллизации и роста кристаллов до клинически значимых размеров, когда этим процессам не препятствуют механизмы ингибирования роста кристаллов. Присоединение мочевой инфекции существенно усугубляет течение заболевания. Она становится важным дополнительным местным фактором в возникновении и поддержании хронического (рецидивирующего) течения мочекаменной болезни из-за неблагоприятного влияния на мочу продуктов метаболизма различных микроорганизмов, способствующих резкому её ощелачиванию за счёт образования уреазы и бурному образованию кристаллов аморфных фосфатов, а при наличии ядра кристаллизации - и быстрому росту камня.
Это относится, в первую очередь, к микроорганизмам семейства протея. Поэтому лечение такой инфекции носит профилактический характер не только с точки зрения склеротических изменений почечной паренхимы, но и для предупреждения мочекаменной болезни. Его проводят обязательно, вне зависимости от титра микробных тел, выявленного при бактериологическом анализе мочи.