Прогноз после радикального оперативного лечения ККТ, как правило, благоприятный. Однако даже в случае зрелых опухолей частота рецидива составляет около 10%. Рецидивирующие опухоли могут также сопровождаться развитием метастазов. При рецидивировании опухоли оперативное лечение дополняют химиотерапией.
Учитывая риск развития рецидивов и метастазирования опухоли, всем детям после оперативного вмешательства показана диспансеризация с периодическим ректальным исследованием и определением содержания сывороточных маркёров опухоли (АФП).