Прогноз зависит от проявлений АПС в каждом конкретном случае. Успешное лечение отдельных компонентов синдрома, более ранняя диагностика заболевания и своевременное выявление и лечение вновь развивающихся симптомов во многом определяет относительно благоприятный прогноз течения заболевания. В благоприятных случаях при АПС 1-го и 2-го типов продолжительность жизни пациента достигает 60 лет и более. Большинство пациентов с АПС 2-го типа и около 30% пациентов с АПС 1-го типа сохраняют способность к деторождению. Неблагоприятные факторы для прогноза жизни - аутоиммунный гепатит, тяжёлые формы мальабсорбции.