Трофобластические опухоли матки дифференцируют с синцитиальным эндометритом, плацентарным полипом, беременностью. Хориокарциному маточной трубы дифференцируют с внематочной (трубной) беременностью. В дифференциальной диагностике метастатического поражения лёгких при хориокарциноме и туберкулёзе лёгких важную роль играют данные анамнеза и определение активности в моче хорионического гонадотропина.