В разное время существовали различные предположения о причинах развития трофобластической болезни, основанные на единичных наблюдениях либо не подтвердившиеся при дальнейших исследованиях. Одни авторы считают, что начало развития пузырного заноса - изменения хориального эпителия, пролиферация клеток Лангханса и синцития, а исчезновение сосудов и дистрофические процессы в ворсинах хориона носят вторичный характер, так как происходят лишь на 7-8й неделе беременности.
В настоящее время в патогенезе трофобластической болезни важную роль отводят иммунологическим факторам. Оплодотворённое яйцо, а затем плод играют роль трансплантата, по отношению к которым организм женщины осуществляет иммунный ответ.
Определённую роль в патогенезе трофобластической болезни отводят иммунологическим взаимоотношениям матери и плода. Полагают, что при несовместимости антигенов матери и плода, направленной на пролиферацию трофобластических элементов, беременность обычно заканчивается выкидышем. Если реакция, вызываемая антигенами плода, слабее, чем пролиферативные изменения трофобласта, иммунологического прерывания неразвивающейся беременности не происходит, а при накоплении жидкости в строме активно функционирующих ворсин происходит пузырный занос. Также полагают, что опухолевая ткань продуцирует вещества, подавляющие трансплантационный иммунитет, в результате чего возникают условия для прогрессирования процесса.
Большую частоту возникновения трофобластической болезни в странах ЮгоВосточной Азии исследователи объясняют вирусной трансформацией трофобласта.
Таким образом, несмотря на многочисленные исследования, до сих пор нет чёткого представления о причинах возникновения трофобластических опухолей, что существенно затрудняет решение вопросов, связанных с диагностикой, лечением и профилактикой этого заболевания.