Сергей Петрович Боткин был одним из величайших деятелей отечественной медицины, и его труды имеют громадное значение и для нашего времени. В истории русской клинической медицины С.П. Боткин создал эпоху. До Боткина русская медицина носила преимущественно описательно-клинический характер: врач изучал историю болезни, подмечал внешние проявления заболевания (симптомы), что позволяло ему правильно ставить диагноз; наблюдая течение болезней, он вырабатывал в себе умение предсказывать их исход и лечил, опираясь на опыт применения тех или иных лекарств.
Нельзя согласиться с неоднократно высказывавшимся мнением, будто бы клиническая медицина в этот период носила «практический», а не «научный» характер. Три принципа, на которые опиралась тогда наша медицина: наблюдение, опыт, суждение, - лежат в основе научного знания. Но содержание и методы научного знания, конечно, с течением времени меняются. В связи с развитием естественных наук в России во вторую половину XIX века русская медицина также должна была найти новые методы, а следовательно, и новый круг представлений. Особенно сильное влияние на медицинскую науку в это время оказала деятельность двух замечательных представителей русской науки - Н.Г. Чернышевского и И.М. Сеченова. Материалистическая философия Н.Г. Чернышевского легла в основу передовой науки того времени вообще и медицины в частности (известно, что в то время врачи нередко придерживались телеологических и виталистических воззрений). Труд нашего великого физиолога И.М. Сеченова «Рефлексы головного мозга» определил новое - физиологическое - направление в медицинской науке. Боткин стал тем ученым, который обеспечил переход клинической медицины на новый, более прогрессивный путь развития, основанный на материалистической теории и физиологических принципах. Исторической заслугой Боткина является разработанный им синтез клиники и физиологии на основе последовательного материалистического миросозерцания. Новое направление, которое получила клиническая медицина благодаря С.П. Боткину, развивалось вплоть до наших дней, когда принципы боткинской клиники - естественно, в той или иной степени измененные в связи с новыми достижениями науки и требованиями жизни - послужили одной из основ гораздо более совершенного и величественного здания советской медицины.