Микробиом при трансплантации легких
Медикаментозная иммуносупрессия, как известно, является неотъемлемым компонентом процедуры трансплантации легких, направленной на снижение риска отторжения трансплантата. Посттрансплантационный мониторинг у пациента обычно включает неоднократные бронхоскопии, что позволяет обеспечить долгосрочное наблюдение за микробиомом. Действительно, трансплантация легких стала признанным методом лечения для многих пациентов с поздними стадиями хронических заболеваний легких. В то же время трансплантат легких является средой обитания для микроорганизмов, включая бактерии, вирусы и грибы. Анализ гена 16S рРНК при секвенировании указывает на сочетание как нормальных представителей микробиома, так и потенциальных патогенов в микробиоме трансплантированных легких [1]. Показано, что представители родов Streptococcus, Prevotella и Veillonella весьма многочисленны в трансплантате легких, за ними следуют представители нескольких других родов, включая Actinomyces, Rothia, Gemella и Pseudomonas [2–4].
Сегодня ожидается, что с внедрением анализа микробиома более высокого разрешения таксономические характеристики микробных сообществ трансплантированных легких будут изучены более подробно в сочетании с различными клиническими факторами и исходами трансплантации [5]. Важно различать эффекты видов в пределах одного рода микроорганизмов. В частности, на уровне микробиома стоит дифференцировать как минимум виды из рода Pseudomonas — P. aeruginosa и остальные Pseudomonas spp. Ранее сообщалось, что Pseudomonas fluorescens четко ассоциируется с профилем респираторного микробиома у пациентов, перенесших трансплантацию легких. Напомним, что большинство используемых в мире легких для трансплантации (92,3%) забираются от трупных доноров по факту доказанной смерти головного мозга [6].
В то же время процесс умирания — это состояние, сопровождающееся широким воздействием на микробные сообщества внутри человека, в том числе по причине системного выброса катехоламинов [7]. Эти нейроэндокринные медиаторы стресса организма хозяина доказано оказывают дифференциальное воздействие на рост бактерий, с неодинаковым влиянием на различные таксоны [8]. Было выявлено, что альвеолярные уровни катехоламинов при трансплантации легких коррелируют с низким разнообразием микробиома пересаживаемого органа и обогащением его P. aeruginosa [9]. Периоперационные микробиомные изменения в донорских легких также являются результатом ишемии органов с последующей реперфузией, что завершается повреждением тканей [10, 11]. В этом отношении ишемически-реперфузионное повреждение и легочный микробиом, вероятно, оказывают взаимное влияние, учитывая, что ключевые медиаторы ишемически-реперфузионного повреждения, такие как система комплемента и толл-подобные рецепторы, также имеют решающее значение для обнаружения и иммунного контроля микроорганизмов [12].
Примечание. Итак, совокупность генов микробного сообщества, принадлежащая телу хозяина после его смерти, получила название «танатомикробиом», в честь Танатоса, олицетворения смерти в греческой мифологии. Танатомикробиом («микробиом смерти») варьирует в зависимости от органа, а также изменяется в зависимости от времени и температуры. Посмертные изменения формируются под воздействием собственных микроорганизмов хозяина, а также микроорганизмов окружающей среды, что приводит к характерной post mortem динамике танатомикробиома, практически важной для судебной медицины, в том числе для определения времени предполагаемой смерти. Современные исследования танатомикробиома основаны преимущественно на секвенировании гена 16S РНК, так как этот метод подходит для большого количества образцов, хорошо отработан для продольного сравнительного анализа, а также менее затратен и требует меньше времени для анализа. Установлено, что активность микроорганизмов после смерти хозяина имеет определенную хронологическую закономерность, которая влияет на очередность разложения человеческого трупа. Динамика естественного разложения органов и тканей на сегодняшний день представляет собой следующий порядок (по очередности): а) раннее микробное разложение (часы/дни) — гортань и трахея, желудок, кишечник, селезенка, брыжейка и кишечник, печень, поджелудочная железа, ткани надпочечников, беременная матка; б) позднее микробное разложение (дни/месяцы) — сердце, легкие, почки, пищевод, диафрагма, кровеносные сосуды, мочевой пузырь, бронхи, предстательная железа, небеременная матка, кожа, мышцы, сухожилия, костный скелет [13–15]. Более подробно об этом написано в книге «Микробиом в медицине: руководство для врачей» (автор И.О. Стома; Москва: ГЭОТАР-Медиа, 2020).