В новых рыночных отношениях снижается роль централизованного управления и более важным становится региональное соподчинение стоматологической службы. Возрастает значение профессиональных ассоциаций. На работу медицинских служб меньше влияет размер бюджета, поскольку увеличивается объем хозрасчетной стоматологической помощи и развивается система медицинского страхования.
В этих условиях Общероссийская ассоциация стоматологов предлагает три уровня оказания стоматологической хирургической помощи: квалифицированную, специализированную и узкоспециализированную. В республиках, краях, областях, городах, городских районах работают стоматологические поликлиники, в состав которых входит хирургическое стоматологическое отделение или хирургический кабинет. В сельской местности стоматологические кабинеты действуют при центральной районной больнице. Кроме того, и в отдельных медико-санитарных частях имеются хирургические кабинеты. Стоматологическое отделение поликлинического стационарного профиля предусмотрено также в составе отделений скорой медицинской помощи (для оказания неотложной помощи). На базе стоматологических университетов, факультетов организованы лечебные центры по различным разделам хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии. В единственном в стране Центральном научно-исследовательском институте стоматологии и челюстно-лицевой хирургии (ЦНИИС и ЧЛХ) работают по передовым технологиям центры по этим разделам медицины.
Приказом МЗ РФ № 337 от 27.08.1999 необоснованно была исключена из стоматологических дисциплин челюстно-лицевая хирургия, хотя большинство специалистов данного профиля по основной специальности были врачами-стоматологами. Это привело к большому притоку в поликлиники, стационары стоматологических отделений и центры по челюстно-лицевой хирургии врачей лечебного и педиатрического профиля.