Генетические факторы. Ребенок наследует от родителей особенности строения зубочелюстной системы и лица - размер и форму зубов, размер челюстей, особенности функции мышц, строение мягких тканей, а также модели их формирования (Грабер). Возможно, однако, что размер и форму зубов ребенок наследует материнские, а размер и форму челюстей - отцовские, что может вызвать нарушение соотношения размеров зубов и челюстей (например, крупные зубы при узкой челюсти приведут к дефициту места в зубном ряду).
Наследственные заболевания (пороки развития) приводят к патологическим изменениям строения лицевого скелета. Врожденные расщелины верхней губы, альвеолярного отростка, твердого и мягкого нёба, болезнь Шершевского, синдром Крузона, дизостозы характеризуются недоразвитием челюстных костей (одноили двусторонним). Синдромы Ван-дер-Вуда (сочетание расщелины нёба и свищей нижней губы), Франческетти, Голденхара, Робена сопровождаются сквозными расщелинами верхней губы и нёба и недоразвитием и гипоплазией нижней челюсти, открытым прикусом и другими тяжелыми аномалиями ЧЛО. Тяжелые системные врожденные заболевания также могут сопровождаться пороками развития зубов и челюстей.
Целый ряд некариозных поражений также имеет наследственный характер. В их числе нарушения развития эмали зубов (несовершенный амелогенез) и дентина (несовершенный дентиногенез), нарушение развития эмали и дентина, известное как синдром Стейнтона-Капдепона. По наследству передаются и аномалии размера челюстей (макро- и микрогнатия), а также их положение (прогнатия, ретрогнатия).
Аномалии зубов и челюстей приводят к нарушению смыкания зубных рядов, в частности по сагиттали. По наследству могут передаваться нарушение смыкания зубных рядов по вертикали (вертикальная резцовая дизокклюзия, вертикальная резцовая глубокая дизокклюзия и окклюзия), диастема, низкое прикрепление уздечки верхней губы, короткая уздечка языка, нижней губы, мелкое преддверие полости рта, а также адентия. Существует определенная взаимосвязь между аномалиями органов полости рта и зубочелюстной системы. Так, низко прикрепленная уздечка верхней губы может стать причиной диастемы, а вследствие короткой уздечки языка задерживается развитие нижней челюсти в переднем участке, нарушается речевая артикуляция. Мелкое преддверие полости рта и короткая уздечка нижней губы приводят к обнажению шеек нижних резцов и развитию пародонтита.