Вероятно, именно рибонуклеополипептидный фазовообособленный комплекс - протобионт оказался предшественником живых организмов, имевших клеточную структуру, - прокариотов (от др.-греч. προ - перед и κάρυον - ядро). К прокариотам относятся микоплазмы, археобактерии, цианобактерии и др. Считается, что возникли прокариоты 3,5 млрд лет назад. Состоят они в большинстве случаев из одной клетки, мембраной отгороженной от среды, в цитоплазме клетки располагается клубок ДНК - нуклеоид, не имеющий собственной оболочки. В растущих бактериальных клетках нулеоиды активно делятся, их может быть и два, и четыре. При неполном расхождении делящихся клеток прокариотов возникают нитчатые, колониальные и полинуклеоидные формы. У бактерий имеется обычно одна кольцевая или линейная хромосома, содержащая до 4000 генов, обеспечивающих жизнедеятельность и размножение бактерии. Бактериальная клетка содержит одну цепочку нуклеотидных последовательностей, т.е. она гаплоидна.
На прокариотическом этапе развития Жизни на Земле произошло два кардинальных события, связанных с энергообеспечением жизнедеятельности организмов. Первое событие, значение которого для развития Жизни трудно переоценить, заключалось в возникновении фотосинтеза. Можно предположить, что в период, когда энергетическое обеспечение метаболизма в прокариотической клетке осуществлялось за счет температуры воды, а затем липофусцина, ею был захвачен абиогенного происхождения порфирин - циклическое соединение, содержащее центральный атом магния и многоатомный гидрофобный спиртовой остаток. Это был зеленый пигмент - хлорофилл (хелатный комплекс магния), который включился в метаболический процесс прокариотической клетки и оказался способным улавливать энергию солнечного света (фотоны) и превращать ее в энергию химических связей органических соединений.