При поверхностном (неинвазивном) кандидозе у новорождённых прогноз заболевания благоприятный. При наличии признаков инвазивного кандидоза и/или кандидемии, – прогноз серьёзный. Поражение двух и более органов и систем, а также выявление очагов диссеминации грибкового процесса ухудшает прогноз и повышает показатели летальности у новорождённых.