Мазки со слизистой оболочки носоглотки и задней стенки ротоглотки берут после полоскания полости рта кипяченой водой комнатной температуры. Если полость носа заполнена слизью, перед процедурой рекомендуется провести высмаркивание. В течение 6-ти часов перед процедурой нельзя использовать медикаменты, орошающие носоглотку или ротоглотку и препараты для рассасывания во рту. У взрослых мазки со слизистой носоглотки берут сухим стерильным назофарингеальным велюр-тампоном на пластиковом аппликаторе или сухим стерильным зондом из полистирола с вискозным тампоном (предпочтительно для сбора биологического материала для ПЦР с целью последующей изоляции культуры вируса). Зонд вводят легким движением по наружной стенке носа на глубину 2 – 3 см до нижней раковины, слегка опускают книзу, вводят в нижний носовой ход под нижнюю носовую раковину, делают вращательное движение и удаляют вдоль наружной стенки носа. Общая глубина введения зонда должна составлять примерно половину расстояния от ноздри до ушного отверстия (не менее 5 см).
Мазки из ротоглотки берут сухим стерильным зондом из полистирола с вискозным тампоном вращательными движениями с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки, прижимая язык пациента шпателем.
Мокроту (при глубоком откашливании) и эндотрахеальный аспират собирают в стерильные одноразовые герметично закрывающиеся контейнеры натощак после чистки зубов и полоскания полости рта водой. Пациента просят сделать несколько глубоких вдохов с задержкой дыхания на несколько секунд, затем с силой выдохнуть, что способствует появлению продуктивного кашля и очищению верхних дыхательных путей от мокроты. Для получения эндотрахеального аспирата затем присоединяют мукус-экстрактор через трубку-переходник к отсосу катетер вводится в глотку через полость рта, в результате чего провоцируется кашлевой рефлекс и проводится извлечение трахеального содержимого через стерильный катетер (6 – 7 размера) с помощью отсоса. Для получения индуцированной мокроты рекомендуется использовать упражнения дыхательной гимнастики и вибрационный массаж грудной клетки. Наибольшего эффекта достигают с помощью ингаляций с использованием гипертонического раствора хлорида натрия. Аутопсийный материал забирают стерильным инструментом из зоны поврежденной ткани объемом 1-3 см3 инструментами (индивидуально для каждого органа).
Каждый образец помещают в отдельную транспортную емкость со стабилизирующей средой и/ или в пробирку с транспортной средой. Материал для исследования должен быть нативным (без фиксации формалином).