Системный вариант ЮИА, как правило, трудно поддаётся лечению, отличается длительно сохраняющейся активностью патологического процесса, высокой инвалидизацией детей по опорнодвигательному аппарату, нередким развитием амилоидоза и даже возможными летальными исходами, т.е. имеет очень серьёзный прогноз. Поражение глаз, особенно у детей, заболевших в раннем возрасте, может приводить к инвалидизации детей по состоянию органов зрения. ЮСА отличается в целом относительно доброкачественным течением и сравнительно редко (не более чем у 10% больных) приводит к инвалидизации.