Прогноз при АФС в конечном счёте зависит от риска рецидивирования тромбозов, который, как уже отмечалось, хотя и отличается существенной вариабельностью, в целом весьма высок у больных со вторичным и первичным АФС. В общей популяции пациентов с СКВ частота тромбозов колеблется от 7 до 12%, а частота связанных с тромбозом смертельных исходов достигает 27%. В многоцентровом исследовании, основанном на длительном (10 лет) наблюдении 1000 пациентов с СКВ (European Working Party on Systemic Lupus Erythematosus), было установлено, что основными причинами летальности при СКВ в течение первых 5 лет болезни служат инфекции, а в последующие 5 лет - тромбозы (26,1%). Прогноз у больных СКВ с АФС (или с аФЛ) хуже, чем у больных СКВ без аФЛ.
В отсутствие антикоагулянтной терапии частота рецидивирования тромбозов при АФС достигает 55%. На фоне антикоагулянтной терапии риск повторных тромбозов весьма высок (9 на 100 пациентов в год); такие тромбозы могут приводить к летальным исходам. По данным проспективного исследования, повторные тромбозы отмечены у 9% пациентов в течение 4 лет наблюдения. Комбинированный индекс повреждения (SDI) в течение 5 и 15 лет наблюдения был выше у пациентов с АФС по сравнению с пациентами без АФС, 15летняя выживаемость у пациентов с АФС составила 65%, а у пациентов без АФС - 90% (p =0,03). У трети пациентов с первичным АФС развивается необратимое поражение внутренних органов. Повторные тромбозы были отмечены у 19% больных (несмотря на лечение варфарином), а 5 из 39 больных нуждались в оперативном лечении патологии клапанов сердца в течение 10 лет наблюдения. По некоторым данным, у пациентов с АФС наблюдается существенное нарастание послеоперационной летальности (20%) при операциях на клапанах сердца. Особенно неблагоприятный прогноз отмечают у пациентов с катастрофическим АФС, при котором летальность составила 46%. Примечательно, что у 36% выживших больных наблюдали повторные тромботические эпизоды (несмотря на антикоагулянтную терапию).