По современным представлениям, аФЛ не только серологический маркёр, но и важный "патогенетический" медиатор, вызывающий развитие основных клинических проявлений АФС (тромбозов, акушерской патологии, цитопений и др.). В целом аФЛ обладают способностью воздействовать на большинство процессов, составляющих основу регуляции гемостаза, нарушение которых приводит к гиперкоагуляции. Взаимодействие аФЛ с фосфолипидами - сложный феномен, в реализации которого ключевую роль играют так называемые кофакторы. Необходимым условием для связывания аКЛ, выделенных из сывороток пациентов с АФС, с кардиолипином служит наличие так называемого аКЛкофактора, который был идентифицирован как β2гликопротеин I. Наряду с β2гликопротеином I в качестве "кофакторов" (или аутоантигенов) могут выступать другие белки, многие из которых принимают непосредственное участие в регуляции свёртывания крови. К ним относят протромбин (фактор II), белок C, белок S, аннексин V, тромбомодулин, факторы V, VII/VIIa и XII, высокомолекулярный и низкомолекулярный кининоген, гепарин и др.
Однако только синтез аФЛ у человека не может спровоцировать клинически значимые нарушения гемостаза, приводящие к развитию АФС. Это послужило основанием для гипотезы "двойного удара" (twohit hypothesis), согласно которой, аФЛ ("первый удар") создают условия для гиперкоагуляции, а формирование тромба индуцируется дополнительными медиаторами ("второй удар"), усиливающими активацию каскада свётывания крови, уже вызванную аФЛ. Действительно, есть данные о том, что частота тромбозов у пациентов с аФЛ в крови значительно нарастает при наличии других факторов риска гиперкоагуляции, например при беременности, курении, хирургических операциях и особенно врождённых тромбофилиях. Кроме того, аФЛ - чрезвычайно гетерогенная популяция аутоантител, каждое из которых обладает своим уникальным патогенным потенциалом; у некоторых больных с АФС повышен риск атеросклероза, что может отражать наличие особой популяции "атерогенных" аФЛ (см. "Лабораторные методы исследования"). Таким образом, развитие АФС реализуется за счёт нескольких взаимодополняющих аФЛзависимых и аФЛнезависимых механизмов. Возможные механизмы активности аФЛ условно могут быть разделены на гуморальные и клеточные (табл. 181).