Дифференциальную диагностику туберкулёзной волчанки проводят в зависимости от локализации очагов. При высыпаниях на лице может потребоваться дифференцировка с дискоидной красной волчанкой. Последняя отличается более яркой эритемой, наличием фолликулярного гиперкератоза, ранней атрофией и склонностью к симметрии высыпаний. Бугорковые сифилиды третичного сифилиса характеризуются толчкообразностью их появления, сгруппированностью более плотных изолированных бугорков тёмно-красного цвета, никогда не возникающих в местах бывших высыпаний. Реакции на сифилис положительные. Узелки при мелкоузелковой форме саркоидоза также более плотные, их цвет желтоватый, а не синеватый. Разрешаются они бесследно или с образованием телеангиоэктазий. Феномен "яблочного желе" в первых двух случаях отрицательный. А при саркоидозе могут выявляться так называемый симптом "пылинок" или сплошная бурая окраска. Гистологически саркоидоз отличается отсутствием казеозного некроза (некротизированные клетки могут наблюдаться) и обычно более мономорфным инфильтратом, состоящим почти исключительно из эпителиоидных клеток. Однако абсолютные критерии в этом случае отсутствуют. Кроме того, при взятии биопсии у леченых больных необходимо учитывать возможную терапевтическую регрессию элементов сыпи. При локализации на закрытых участках тела может потребоваться дифференциальная диагностика с липоидным некробиозом.
При обнаружении очагов на слизистых оболочках носа и глотки их необходимо дифференцировать с очагами склеромы (возбудитель - Klebsiella rhinoscleromatis), гистологически характеризующимися наличием гранулём. Идентификация возбудителя, обнаружение клеток Микулича и эпидемиологические данные о нахождении в эндемичной по склероме местности (Египет, Индия, Центральная Африка, Мексика, но встречается также в Северной Америке и Европе) помогают в постановке правильного диагноза.