Шигеллёз вызывается рядом биологически близких между собой микроорганизмов, относящихся к семейству Enterobacteriacea и объединённых в род Shigella. По современной классификации, род Shigella подразделяют на четыре вида:
• группа А: Shigella Dysenteriae, 1 - Григорьева-Шиги, Shigella Dysenteriae, 2 - Штутцера-Шмитца и Shigella Dysenteriae 3-7 - Ларджа-Сакса;
• группа В: Shigella Flexneri c подвидом Shigella Flexneri 6 - Newcastle; серовары 1-6, каждый из которых подразделяют на подсеровары a и b, а также серовары 6, X и Y;
• группа С: Shigella Boydi, серовары 1-18;
• группа D: Shigella Sonnei.
Шигеллы - грамотрицательные неподвижные палочки, факультативные аэробы. Палочка Григорьева-Шиги образует шигитоксин (экзотоксин), остальные виды содержат термолабильный эндотоксин - ЛПС. Наименьшая заражающая доза характерна для бактерий Григорьева-Шиги, большая - для бактерий Флекснера и наибольшая - для бактерий Зонне. Представители последних двух видов наиболее устойчивы в окружающей среде: на посуде и влажном белье они могут сохраняться в течение месяцев, в почве - до 3 мес, на продуктах питания - несколько суток, в воде - до 3 мес. При нагревании до 60 °С они гибнут через 10 мин, при кипячении - немедленно, в дезинфицирующих растворах - в течение нескольких минут. Из антибактериальных препаратов наибольшая чувствительность in vitro отмечена к фторхинолонам (100%).