Клиническая диагностика достоверна лишь при крупозной пневмонии, однако вероятность пневмококковой этиологии внебольничной пневмонии, отита, синусита составляет 60-80%. Верифицировать диагноз можно только на основании результатов микробиологического исследования соответствующего биосубстрата: при рините - отделяемого носовых ходов (мазок), при отите, синусите -
гнойного экссудата, при пневмонии - мокроты, при менингите - СМЖ. При всех генерализованных формах пневмококковой инфекции производят посев крови. Бактериологическое исследование крови также целесообразно при обследовании высоколихорадящих детей в возрасте до 3 лет для выявления криптогенной бактериемии, возбудителем которой более чем в 80% случаев является пневмококк.
При менингите также производят бактериоскопию СМЖ, РЛА и ПЦР СМЖ.
Для диагностики эндокардита применяют трансэзофагальное УЗИ сердца.