Дифференциальную диагностику АтД проводят со следующими заболеваниями:
• себорейный дерматит;
• пелёночный дерматит;
• аллергический контактный дерматит;
• чесотка;
• строфулюс;
• ихтиоз обыкновенный;
• псориаз обыкновенный;
• ограниченный нейродермит (лишай Видаля);
• микробная экзема;
• розовый лишай Жибера;
• дерматофитии;
• лимфома кожи в ранней стадии;
• герпетиформный дерматит Дюринга;
• фенилкетонурия;
• синдром гипериммуноглобулинемии E;
• синдром Вискотта-Олдрича;
• десквамативная эритродермия Лейнера-Муссу.