Этиология пороков и малых аномалий развития гетерогенна и недостаточно изучена. Общепризнан многофакторный характер врождённых аномалий челюстно-лицевой области, обусловленный взаимодействием разнообразных этиологических причин. Наряду с изменением наследственности (мутации), выраженное тератогенное воздействие на организм оказывают внешние и внутренние факторы (ионизирующая радиация, механические, химические, биологические и психические факторы).
Врождённую атрезию хоан считают следствием сохранения носонёбной мембраны, возникает в период 6-12-й недель гестации в процессе сближения и последовательного сращения заднего края сошника с задними концами носовых раковин. Существует три теории происхождения хоанальных атрезий: частичная гиперплазия раковин (внутриматочная теория); избыточное разрастание вертикальной пластинки нёбной кости; гипоплазия всей области хоан и глотки.