Возбудитель - вирус гепатита C (ВГC), который относят к семейству Flaviviridae, имеет липидную оболочку, сферическую форму, средний диаметр составляет 50 нм. Нуклеокапсид содержит однонитевую линейную рибонуклеиновую кислоту (РНК). Геном содержит около 9600 нуклеотидов. В геноме ВГC выделяют две области, одна из которых (локус соre, Е1 и Е2/NS1) кодирует структурные белки, входящие в состав вириона (нуклеокапсид, белки оболочки), другая (локус NS2, NS3, NS4А, NS4В, NS5А и NS5В) - неструктурные (функциональные) белки, не входящие в состав вириона, но обладающие ферментативной активностью и жизненно необходимые для репликации вируса (протеазу, хеликазу, РНК-зависимую РНК-полимеразу). Изучение функциональной роли белков, кодируемых в неструктурной области генома ВГC и участвующих в репликации вируса, имеет исключительную важность для создания новых лекарственных средств, которые могли бы блокировать репликацию вируса.
Установлено, что ВГC циркулирует в организме человека в виде смеси мутантных штаммов, генетически отличаемых друг от друга и получивших название "квазивиды". Особенность строения генома ВГC - его высокая мутационная изменчивость, способность постоянно изменять свою антигенную структуру, что позволяет вирусу избегать иммунной элиминации и длительно персистировать в организме человека. Согласно наиболее распространенной классификации, выделяют 7 генотипов, из которых в клинической практике наибольшее значение имеют 6, и свыше 100 субтипов ВГC. В различных регионах земли циркулируют разные генотипы вируса. Так, в России распространены преимущественно генотипы 1b и 3а. Среди вирусов, определяемых стандартными тест-системами как генотип 2, значительную долю составляет рекомбинантный вариант вируса (2k/1b), который возможно выявить только при выполнении полного секвенирования генома. При проведении противовирусной терапии (ПВТ) с использованием интерферонсодержащих схем генотип служит одним из важнейших прогностических факторов устойчивого вирусологического ответа (пациенты, инфицированные генотипом 1, отвечают на лечение реже, чем инфицированные не 1‑м генотипом). Однако на фоне применения препаратов с прямым противовирусным действием значимость прежних предикторов эффективности ПВТ больных ХГС (в том числе и генотипа) нивелируется, так как эффективность этих схем лечения приближается к 100% вне зависимости от наличия или отсутствия предикторов. Вместе с тем накопленные к настоящему времени данные отчетливо демонстрируют особенности течения ХГС, вызванного генотипом 3: именно в этой когорте пациентов чаще регистрируют выраженный стеатоз, быстрее формируется цирроз печени, а в ряде случаев при проведении ПВТ устойчивый вирусологический ответ (УВО) достигается труднее.