Химиопрофилактику вторичных заболеваний у больных ВИЧ-инфекцией проводят до развития заболевания (превентивная терапия, которую назначают на основании эпидемиологических, клинических и иммунологических показаний) и для предотвращения рецидивов после проведенной терапии острого периода. Успешно проводимую ВААРТ также можно в определенном смысле рассматривать в качестве профилактики пневмоцистной пневмонии, церебрального токсоплазмоза, цитомегаловирусной инфекции, атипичного микобактериоза, саркомы Капоши и др.