Цитотоксические препараты, к сожалению, не всегда могут сохранять стерильность. Базовые биохимические процессы (такие, как биосинтез белка) протекают различным образом у бактерий и у людей. Следовательно, если определенный препарат имеет токсический эффект на опухолевые клетки человека, совсем не обязательно, что он оказывает цитотоксический эффект на бактерии. Более длительный срок хранения вскрытых флаконов может обеспечить присутствие в растворе консервантов. Действительно, в литературе приведен ряд примеров бактериального роста в средах с противоопухолевыми препаратами. Растворы цитотоксических препаратов изготавливаются в асептических условиях, тем не менее нельзя исключить их заражение микроорганизмами – например, упаковка препаратов снаружи нестерильна. Помимо стерильности может возникнуть также и проблема химической стабильности. Ряд препаратов имеет ограниченную стабильность растворов при разведении и может подвергаться гидролизу, фотолизу и т.д. Следовательно, готовые растворы должны быть приготовлены непосредственно перед использованием. Для соблюдения таких мер безопасности, как защита от света, необходимо использовать специальные инфузионные наборы или особые концентрации препаратов.
Для снижения вредного воздействия токсических веществ, необходимо правильным образом их уничтожать. Совершенно ясно, что это легче сделать в крупных учреждениях, нежели в маленьких лабораториях. Более высокая пропускная способность в первом случае приводит к меньшему скоплению препаратов, которые должны быть уничтожены по истечении срока годности. Бумага, пластиковые материалы, пластиковые флаконы и бутылки должны быть разделены для дальнейшей обработки. Остатки цитотоксических препаратов направляются на соответствующие предприятия для последующего уничтожения.
Перед помещением их в пластиковые закрытые емкости, которые закрываются перед транспортировкой, отходы должны помещаться в пластиковые мешки. Для уничтожения остаточных цитотоксических препаратов метод химической инактивации не подходит.