Приложение 4

Поставить закладку

к МР 3.1. 0272-22

ПЕРЕЧЕНЬ ИДЕНТИФИЦИРУЕМЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ SARS-CoV-2

В настоящее время (на 1О.О1.2022) к вариантам ВЭП (VOC) относятся штаммы, принадлежащие к линиям:

Alpha, В.1.1.7 («Британский»);
Beta, В.1.351 («ЮАР»);
Gamma, Р.1 линии В.1.1.28 («Бразильский»);
Карра, В.1.617.1 («Индийский.1»);
Delta, В.1.617.2 («Индийский.2»).
Omicron, В.1.1.529 («Южно-Африканский»)

К вариантам ТДИ (VUI) (на 12.06.2021) относятся:

АТ.1 линии В.1.1.370.1;
В.1.1.523 (ранее относился к линии В.1.1.451, согласно PANGOILIN)

Ниже приводятся рекомендации по дифференциации вышеуказанных геновариантов с помощью методов (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования по Сэнгеру полного гена S-белка, (3) полногеномного секвенирования.

Информация о характерных мутациях S-гена для каждой линии приведена в таблице 1.

Таблица 1. Характерные мутации S-гена геновариантов ВЭП и ТЛИ.

	Мутации гена S
Alpha, В.1.1.7	Н69-, V70-, Y144-, N501Y, A570D, D614G, Р681Н, T7161, S982A, D1118Н
Beta, В.1.351	D80A, D215G, L241-, L242-, А243-, K417N, Е484К, N501Y, D614G, А701V
Gamma, Р.1	L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, К417Т, Е484К, N501Y, D614G, Н655Y, T1027I, V1176F
Delta, В.1.617.2	T19R, Е156-, F157-, R158G, L452R, Т478К, D614G, P681R, D950N
Карра, В.1.617.1	G142D, Е154К, L452R, E484Q, D614G, P681R, Q1071H
АТ.1 линии В.1.1.370.1	P9L, D215G, С136-, N137-, D138-, Р139-, F140-, L141-, G142-, V143-, Y144-, Н245Р, F306I, T307S, V308C, E309R, K310S, G311V, 1312L, Е484К, N679K, ins_679_GIAL, Е780К
В.1.1.523	Е156-, F157-, R158-, F306L, Е484К, S494P, Е780А
В.1.1.529

1. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок.

Дифференциацию геновариантов вируса SARS-CoV-2 по локусам из протоколов Университета Женевы и ARTIC осуществляют в соответствии с таблицей 2, определяя делеции 21765-21770 (делеция HV 69-70), 21991-21993 (делеция У144), 22287-22295 (делеция LAL 242-244), 21969-21995 (делеция CNDPFLGNY 136-144), замены А21801С (заменаD80А), G21974T (замена D138Y), G22132T (замена R190S), A22206G (замена D215G), А22296С (замена Н245Р), T22917G (замена L452R), С22995А (замена Т478К), G23012A (замена Е484К), G23012C (замена E484Q), А23063Т (замена N501У), С23271А (замена A570D). Нумерация нуклеотидных остатков приведена относительно референс-штамма hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 (EPI_ISL_402124).

На идентификацию геноварианта В.1.1.7 («Британский») направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 делеций 21765-21770 (НIV 69-70), 21991-21993 (У144), а также обнаружение замены А23063Т (N501У) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76, замены С23271А (A570D) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019 77.

На идентификацию геноварианата В.1.351 («ЮАР») направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 замены А21801С (D80A), а также обнаружение делеции 22287-22295 (LAL 242-244) и замены A22206G (D215G) при секвенировании фрагмента nCoV-2019_73, замен G23012A (Е484К) и А23063Т (N501У) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76.

На идентификацию геноварианата -Р.1 линии В.1.1.28 («Бразильский») направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72, замены G21974T (D138Y), а также обнаружение замены G22132T (R190S) при секвенировании фрагмента nCoV-2019 _73, замен G23012A (Е484К) и А23063Т (N501У) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019 76.

На идентификацию геноварианата В.1.617.1 («Индийский.1») направлено обнаружение при секвенировании nCoV-2019_76 замен T22917G (L452R) и G23012C (E484Q) для филогенетической линии В.1.617.1 и замен T22917G (L452R).

На идентификацию геноварианата В.1.617.2 («Индийский.2») направлено обнаружение при секвенировании nCoV-2019_76 замен T22917G (L452R) и G23012C (E484Q) для филогенетической линии В.1.617.1 и замен T22917G (L452R), а также С22995А (Т478К) для филогенетической линии В.1.617.2.

На идентификацию геноварианта В.1.1.523 направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R45 или nCoV-2019_(72_Left+73_Right) делеции 22029-22037 (EFR 156-158), замен G23012A (Е484К) и t23042c (S494P) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019 76.

На идентификацию геноварианта АТ.1 линии В.1.1.370.1 направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 делеции 21969-21995 (CNDPFLGNY 136-144), а также обнаружение замен A22206G (D215G), А22296С (Н245Р) при секвенировании фрагмента nCoV-2019_73, замены G23012A (Е484К) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019 76.

Таблица 2. Список мутаций генетических вариантов вируса SARS-CoV-2, детектируемых при фрагментном секвенировании

По протоколу Университета Женевы		По протоколу ARTIC v.3				Генетические варианты SARS-CoV-2
Фрагмент F44-R45, внутренний фрагмент F44-R44¹⁾	Фрагмент F46-R47, внутренний фрагмент F47-R47	Фрагмент nCoV-2019_72	Фрагмент nCoV-2019_73	Фрагмент nCoV-2019_76	Фрагмент nCoV-2019_77	Генетические варианты SARS-CoV-2
Делеция HIV69-70, Y144	Замены N501Y A570D	Делеция HIV69-70, Y144	нет	Замена N501Y	Замена A570D	Alpha В.1.1.7 (Британский)
Замена D80A	Замены N501Y Е484К	Замена D80A	Делеция LAL 242-244 Замена D215G	Замены N501Y Е484К	нет	Beta В.1.351 (ЮАР)
Замена D138Y	Замены N501Y Е484К	Замена D138Y	Замена R190S	Замены N501Y Е484К	нет	Gamma Р.1, В.1.1.28 (Бразилия)
Замены G142D²⁾Е154К²⁾	Замены L452R³⁾ E484Q	Замена T951²⁾G142D	нет	Замены L452R E484Q	нет	Карра В.1.617.1 (Индия.1)
Делеция FR156-157¹⁾Замена R158G¹⁾	Замены L452R³⁾Т478К³⁾	нет	Делеция FR156-157¹⁾Замена R158G¹⁾	Замены L452R Т478К	нет	Delta В.1.617.2 (Индия.2)¹⁾
Делеция EFR156-158¹⁾	Е484К S494P	нет	Делеция EFR156-158	Е484К S494P	нет	В.1.1.523
Делеция CNDPFLGN Y 136-144	Е484К⁴⁾	Делеция CNDPFL GNY 136-144	Замена⁵⁾ D215G Н245Р	Е484К	нет	АТ.1 линии В.1.1.370.1 (северо-западный) ⁴⁾⁵⁾