Фармакогнозия как наука о лекарственных растениях, их анализе и применении возникла в XIX веке. До той поры учение о целебных растительных средствах являлось частью большого раздела науки о лекарственных средствах вообще (Materia medica), который включал в себя сведения, впоследствии легшие в основу фармакогнозии, ботаники, фармакологии, фармацевтической химии, технологии лекарственных средств и др. Совокупность знаний, составляющих предмет фармакогнозии, имеет наиболее долгую историю из всех фармацевтических дисциплин, поскольку первыми лекарственными средствами, используемыми человеком, были растения.
Лечение растениями имеет долгую историю, и его начальные этапы теряются в глубине веков. Еще в средне- и позднепервобытном обществе в различных человеческих культурах использовали целебные растения, ряд из которых сохранил свое значение и до наших времен. Древнейшая находка, связанная с лекарственными растениями, датируется 60 000 годом до нашей эры и связана с захоронениями неандертальцев, обнаруженными в Шанидаре (Ирак). В одной из могил найдена пыльца и остатки растений родов Ephedra, Achillea, Senecio, которые вполне могли применяться в медицинских целях. Со временем знания, полученные эмпирическим путем, накапливались и, передаваемые от поколения к поколению, легли в основу будущей науки о лекарственных растениях.
Уже в ранних цивилизациях Древнего мира (шумеро-аккадская, древнеегипетская, вавилонская) начали появляться традиционные медицинские системы, оставившие свой след в различных трактатах. Знания о лекарственных растениях и их применении занимали в структуре этих медицин значительную часть. Так, на территории Месопотамии уже в конце III тысячелетия до нашей эры применялись такие растения, как кедр, горчица, солодка, инжир и др.
Основу европейской медицинской системы заложили во второй половине I тысячелетия до нашей эры работы древнегреческих и римских врачей. В Corpus Hyppocraticum, сочинении Гиппократа (460–377 до н. э.), считающегося основателем европейской медицины, содержатся сведения о более чем 200 видах лекарственных растений. Огромное значение для будущего фармакогнозии и ботаники сыграл труд «Исследование о растениях» естествоиспытателя, философа и ботаника («отца ботаники») Феофраста (372–287 до н. э.). А уже в I веке нашей эры появился труд Диоскорида Materia medica, ставший первым «пособием по фармакогнозии».
На рубеже тысячелетий расцвет переживала римская медицина, основанная на медицине Древней Греции, исконном опыте народов Апеннинского полуострова и собственных открытиях. Наиболее известными ее представителями являлись Плиний Старший (24–79) и Клавдий Гален (129–201), оставившие труды с описаниями лекарственных растений, сведениями об их применении и заложившие основы технологии препаратов на основе растительного сырья (Гален). Эти работы (наряду с трудом Диоскорида) были каноническими для европейских врачей вплоть до конца Средневековья.
После распада Римской империи на территории Европы наступил период упадка науки, ремесел и технологии («темные века»). Эти процессы не могли не затронуть и медицину. Врачеватели тех времен концентрировались в крупных монастырях и при дворах крупнейших феодалов. В своей практике они опирались на труды классиков древности, а также на опыт народной медицины франков, германцев, галлов, саксов и др. В результате сложилась особая, так называемая монастырская средневековая медицина, оставившая после себя ряд трактатов, наиболее известным из которых является «Салернский кодекс здоровья» (XIV век), написанный Арнольдом из Виллановы и содержащий облеченные в стихотворную форму медицинские рекомендации, в том числе и по применению растений.
В период расцвета арабской цивилизации в X–XIII веках новый толчок в развитии получила и медицина. Основанная на сведениях, полученных из книг греческих и римских авторов, медицинских знаниях Древнего Востока, Индии и собственном опыте возникла и развилась своеобразная арабская медицинская школа. Наиболее выдающимся ее представителем был врач и ученый из Бухары Абу Али ибн Сина (Авиценна) (980–1037). Его фундаментальный пятитомный труд «Канон врачебной науки», переведенный затем на латинский язык, долгое время служил эталоном для арабских и европейских врачей. Другим крупным авторитетом арабской медицины был Абу Райхан Бируни (973–1048), один из трудов которого назывался «Фармако-гнозия в медицине». В этой работе было упомянуто порядка 750 видов лекарственных растений, в основном произрастающих на территории Азии, причем основное внимание обращалось на признаки и происхождение растительного сырья и продуктов из него, а медицинское применение практически не рассматривалось. Для европейской на-уки данный труд оставался неизвестным до начала XX века.
Новый виток интереса к медицине и фармации возник в европейских странах в конце XV – начале XVI века, что было связано с общими процессами, происходившими в западном мире в период Возрождения. Большую роль в распространении научных знаний (в том числе и медицинских) сыграло изобретение книгопечатания Иоганном Гутенбергом в середине XV века. Широкое распространение информации о медицинских растениях началось с «гербариев» — книг об лекарственных растениях. Первые «гербарии», изданные на латыни, основывались на концепциях греческих и римских авторов. Однако уже к середине XVI века появились «гербарии» на европейских языках (немецком, французском), в которых большой объем занимали знания, полученные европейскими учеными: работы О. Брунфельса (1530, 1532), Н. Монарда (1565, 1569, 1571, 1574) и особенно Л. Фукса (1542, 1543) и К. Баугина (1596). К этому времени относится и появление первых фармакопей — Riccetario Fiorentino (Флоренция, 1498), Pharmacorum omnium (Нюрнберг, 1546), Pharmacopoeia Londinensis (Лондон, 1618). В этот же период благодаря открытию новых земель расширился и арсенал лекарственных растений. Наряду с представителями европейской, средиземноморской и переднеазиатской флоры в медицину попали растения из Америки, Южной и Восточной Азии, как новые, так и известные в Древней Греции и Риме, но затем забытые (мускатный орех, ревень).