Этиологическим агентом коронавирусной инфекции 2019 г. (COVID-19 — Coronavirus disease 2019) является вирус тяжелого острого респираторного синдрома 2-го типа (SARS-CoV-2 — Severe acute respiratory syndrome 2), входящий в отряд Nidovirales, семейство Coronaviridae, род Betacoronavirus, подрод SarbecovirusБолее короткое представление этого тезиса, шаблоном которого мы будем далее пользоваться: SARS-CoV-2 (Nidovirales: Coronaviridae, Betacoronavirus, Sarbecovirus). и относящийся к экологической группе природно-очаговых вирусов, естественным резервуаром которых являются летучие мыши (Chiroptera, Microchiroptera) [1–5].
Таксономическое положение семейства Coronaviridae в составе отряда Nidovirales [3, 6, 22] представлено в табл. 1.1. Coronaviridae является единственным из 14 семейств в отряде Nidovirales, которое содержит патогены человека.
Таблица 1.1. Таксономическое положение семейства Coronaviridae (выделено серым фоном) в составе отряда NidoviralesИспользуются официальные данные Международного комитета по таксономии вирусов (International Committee on Taxonomy of Viruses) по состоянию на 23.12.2022. (по данным ICTV, а также [3, 6, 22])
| Подотряд | Семейство | Подсемейство | Род | Хозяева |
| Abnidovirineae | Abyssoviridae | Tiamatvirinae | Alphaabyssovirus | Брюхоногие моллюски |
| Arnidovirineae | Arteriviridae | Crocarterivirinae | Muarterivirus | Землеройки |
| Equarterivirinae | Alphaarterivirus | Лошади |
| Heroarterivirinae | Lambdaarterivirus | Грызуны |
| Simarterivirinae | Deltaarterivirus | Приматы (за исключением человека) |
| Epsilonarterivirus |
| Etaarterivirus |
| Iotaarterivirus |
| Thetaarterivirus |
| Zetaarterivirus |
| Variarterivirinae | Betaarterivirus | Свиньи |
| Gammaarterivirus | Грызуны |
| Nuarterivirus | Грызуны |
| Zealarterivirinae | Kappaarterivirus | Двурезцовые сумчатые |
| Cremegaviridae | Becregavirinae | Sicregavirus | Рептилии |
| Rodepovirinae | Pontunivirus |
| Gresnaviridae | Reternivirinae | Cyclophivirus | Рептилии |
| Olifoviridae | Gofosavirinae | Kukrinivirus | Рептилии |
| Cornidovirineae | Coronaviridae | Letovirinae | Alphaletovirus | Земноводные |
| Orthocoronavirinae | Alphacoronavirus | Млекопитающие |
| Betacoronavirus |
| Deltacoronavirus | Птицы, млекопитающие |
| Gammacoronavirus |
| Pitovirinae | Alphapironavirus | Костные рыбы |
| Mesnidovirineae | Medioniviridae | Medionivirinae | Bolenivirus | Асцидии |
| Turrinivirus | Брюхоногие моллюски |
| Mesoniviridae | Hexponivirinae | Alphamesonivirus | Комары |
| Menanivirinae | Nasenivirus | Коллемболы |
| Metotonivirinae | Tocinivirus | Тли |
| Tofonivirus | Трипсы |
| Monidovirineae | Mononiviridae | Mononivirinae | Alphamononivirus | Плоские черви планарии |
| Nanidovirineae | Nanghoshaviridae | Chimanivirinae | Chimshavirus | Хрящевые рыбы |
| Nanhypoviridae | Hyporhamsavirinae | Sajorinivirus | Костные рыбы |
| Ronidovirineae | Euroniviridae | Ceronivirinae | Charybnivirus | Ракообразные |
| Paguronivirus |
| Tornidovirineae | Tobaniviridae | Piscanivirinae | Bafinivirus | Костные рыбы |
| Oncotshavirus |
| Remotovirinae | Bostovirus | Полорогие |
| Serpentovirinae | Infratovirus | Рептилии, паразитирующие в рептилиях нематоды |
| Lyctovirus | Рептилии |
| Pregotovirus |
| Sectovirus | Паразитирующие в рептилиях нематоды |
| Septovirus | Рептилии |
| Sertovirus |
| Vebetovirus |
| Torovirinae | Torovirus | Лошади, полорогие, свиньи |
Первый представитель семейства Coronaviridae был открыл в 1931 г. — им стал вирус инфекционного бронхита (IBV — Infectious bronchitis virus) [7], который в настоящее время носит название коронавирус птиц (ACoV — Avian coronavirus) (Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Gammacoronavirus, Igacovirus) и включает в себя прежде самостоятельные коронавирусы индеекКоронавирусный энтерит индеек, вызываемый TCoV, назывался болезнью сизого гребня (bluecomb) [3]. (TCoV — Turkey coronavirus) [8, 9] и фазанов (PhCoV — Pheasant coronavirus) [8]. Вплоть до начала XXI в. коронавирусы (точнее, представители подсемейства Orthocoronavirinae) рассматривались как серьезная ветеринарная проблема (табл. 1.2), но их эпидемическое значение оставалось недооцененным.