Патологическая анатомия составляет неотъемлемую часть клинической медицины и своими корнями уходит в глубокую древность. Как самостоятельная дисциплина она развивалась медленно в связи с тем, что вскрытие тел умерших долго было запрещено. Только в XVI в. начали вскрывать трупы казненных преступников и стали накапливаться материалы по патологической анатомии болезней. В 1761 г. вышел в свет труд итальянского анатома Дж. Морганьи (1682–1771) «О месте нахождения и причинах болезней, выявленных анатомом», основанный на результатах 700 вскрытий. Он попытался установить связь морфологических изменений с клиническими проявлениями болезней. Благодаря труду Дж. Морганьи патологическая анатомии заняла свое место среди клинических дисциплин. Большое значение для ее развития имели работы французского морфолога Ж. Крювелье (1791–1874), создавшего первый в мире цветной атлас по патологической анатомии. В середине и конце XVIII в. в Англии появились крупные исследования Р. Брайта (1789–1858), а также А. Бейля (1799–1858), внесшие большой вклад в развитие патологической анатомии. А. Бейль был автором первого наиболее полного учебника по частной патологической анатомии.
В XIX в. патологическая анатомия уже завоевала прочное положение в медицине. Представитель венской школы К. Рокитанский (1804–1878) на основании огромного личного опыта создал одно из лучших в то время руководств по патологической анатомии. К. Рокитанский был последним представителем господствовавшей на протяжении веков теории гуморальной патологии человека, которая не имела научной основы.
Переломным моментом в развитии патологической анатомии и всей медицины можно считать создание в 1855 г. немецким ученым Р. фон Вирховым (1821–1902) теории клеточной патологии. Используя открытие М. Шлейденом и Т. Шванном клеточного строения организмов, он показал, что материальным субстратом болезни являются клетки. Врачи и биологи всего мира увидели в клеточной теории патологии большой прогресс и широко использовали ее как научную и методологическую основу медицины. Однако одной клеточной патологией оказалось невозможным объяснить всю сложность патологических процессов, возникающих при болезни. Клеточной патологии стали противопоставлять учение о нейрогуморальных и гормональных регулирующих системах организма. Однако, как оказалось впоследствии, это лишь подчеркнуло роль клетки в патологии. В настоящее время клетки, их составные элементы (ультраструктуры) рассматриваются как интегральные составляющие целостного организма, находящиеся под непрерывным влиянием и контролем его нейрогуморальных и гормональных систем.
В XX в. патологическая анатомия стала бурно развиваться, во многих странах были созданы институты патологии, появились фундаментальные руководства и журналы по патологической анатомии; созданы международное, европейское и национальные научные общества патологоанатомов.
В России вскрытия начали проводить с 1706 г., но первая кафедра патологической анатомии была открыта лишь в 1845 г. в Киеве. Однако этой кафедре не удалось занять самостоятельного положения в системе медицинского образования. В 1849 г. благодаря усилиям выдающихся терапевтов М.Я. Мудрова и Ю.Х. Лодера в Императорском Московском университете была открыта кафедра патологической анатомии, которая и стала родоначальницей изучения этой дисциплины во всех университетах России. Вначале ее возглавлял терапевт проф. А.И. Полунин, а затем проф. И.Ф. Клейн, который многое сделал для оснащения кафедры и учебного процесса. После проф. И.Ф. Клейна кафедру возглавил крупный патологоанатом проф. И.Н. Никифоров, который написал первый в России учебник патологической анатомии и создал первый отечественный атлас по этой дисциплине. Его учеником был акад. А.И. Абрикосов, которому принадлежат исследования в области морфологии ряда инфекционных заболеваний, онкологии («опухоль Абрикосова»), работы, раскрывающие механизмы аллергических реакций, и др. Он создал новый учебник патологической анатомии, модернизирвал учебный процесс на кафедре, студенты начали изучать патологическую анатомию с помощью микроскопов.
Академик А.И. Струков, сменивший А.И. Абрикосова на посту заведующего кафедрой, изучал различные морфологические аспекты туберкулеза и создал классификацию этого заболевания. Ему же принадлежит приоритет в разработке морфологии и морфогенеза ревматических болезней. Принципиальной заслугой А.И. Струкова является создание и внедрение в медицинскую практику учения о диалектическом единстве структуры и функции, которым он перевернул очередную страницу в биологии и в медицине.
Возглавлявший кафедру после А.И. Струкова акад. В.В. Серов внес немалый вклад в разработку патологической анатомии почек и амилоидоза. Сменивший В.В. Серова на посту заведующего кафедрой акад. М.А. Пальцев занимался проблемами молекулярной патологии и показал ее значение в патогенезе различных заболеваний. В 2010 г. заведующим кафедрой был избран ученик А.И. Струкова проф. В.С. Пауков. Под его руководством успешно разрабатывались проблемы иммуноморфологии острого и хронического воспаления, приспособления и компенсации. Была предложена оригинальная концепция алкогольной болезни и разработана ее морфология. В этот период кафедра перешла на преподавание дисциплины с помощью компьютеров, были изданы новый учебник, атлас и практикум по патологической анатомии. Кафедре было присвоено имя акад. А.И. Струкова.
В 2016 г. проф. В.С. Пауков ушел в отставку и на должность заведующей кафедрой была избрана ученица В.В. Серова проф. Е.А. Коган. Она продолжала на современном уровне развивать традиции кафедры, исследуя проблемы онкологии, пульмонологии, акушерства и гинекологии, гастроэнтерологии и др., в частности, изучая роль стволовых клеток в этих патологических процессах. Ей принадлежит немалая заслуга в описании патологической анатомии новой коронавирусной инфекции COVID-19.
В 2022 г. кафедра патологической анатомии была преобразована в Институт клинической морфологии и цифровой патологии. Возглавила институт ученица В.С. Паукова проф. Т.А. Демура. Институт объединяет кафедру патологической анатомии, прозектуру, научный отдел, референс-центр. Он занимается не только обучением студентов, ординаторов и аспирантов, но и работает с врачами-патологоанатомами и сотрудниками соответствующих кафедр с целью повышения их квалификации. Референс-центр консультирует биопсии с неясными или спорными диагнозами, поступающими из любого медицинского учреждения страны.