На состав микрофлоры влагалища оказывает влияние ряд факторов, связанных с организмом женщины: это возраст и степень половой зрелости, беременность, период репродуктивного цикла, сексуальная активность и применение контрацептивов, гигиенические процедуры, а также применение антибактериальных препаратов.
В период новорожденности происходит бактериальная колонизация урогенитального тракта за счет микроорганизмов влагалища и прямой кишки матери в процессе родов, у детей, родившихся посредством кесарева сечения; микроорганизмы появляются в процессе кормления и ухода. У здоровых матерей влагалищная микрофлора содержит лактобациллы, которые на ранних сроках внедряются в кишечник новорожденного. Первый контакт у новорожденного с бактериями может происходить с участием таких микроорганизмов, как Bacteroides thetaiotaomicron, Escherichia coli, Clostridium, Enterobacter, Streptococcus, Enterococcus. При этом бифидобактерии отсутствуют вплоть до второй недели жизни. Отсутствие лактобацилл и позднее появление бифидобактерий неожиданно, несмотря на контакт новорожденного с лактобациллами в процессе родов. Изучение развития урогенитальной микрофлоры у новорожденных с помощью молекулярных методов отсутствует, но ранее выполненные исследования с помощью культуральных методов показали, что Escherichia coli, энтерококки и стрептококки были первыми доминирующими микроорганизмами. В процессе колонизации влагалище новорожденной имеет рН около 4,5. Это связано с трансплацентарным переходом эстрогенов от матери. Вагинальный эпителий у новорожденной подобен эпителию женщины, и это состояние сохраняется около 3 нед. Прохождение через родовой канал сопровождается контактом не только с вагинальной микробиотой матери, но и с микроорганизмами других анатомических регионов и внешней средой. Первоначально вагинальная микрофлора ребенка подобна флоре у женщины репродуктивного возраста, то есть с преобладанием лактобацилл. Как только уровень эстрогенов падает, вагинальный эпителий истончается, гликоген понижается, рН становится 7,0, а микрофлора меняется на смешанную, без доминирующих видов. Более половины из них — облигатные анаэробы. Микрофлора шейки матки происходит от микроорганизмов, колонизирующих влагалище, в то время как вульва может колонизироваться микроорганизмами из влагалища, кожи и кишечного тракта.