В медицинских школах, вначале в Московской, а затем Петербургской, анатомию на русском языке преподавал К.И. Щепин (1728–1770). В развитии науки в России большую роль сыграла Российская академия наук, созданная в 1728 г. Курс анатомии в Университете при Академии наук преподавал российский анатом А.Р. Протасов (1723–1796), известный работами о телосложении человека, анатомии желудка. На медицинском факультете Университета анатомию начали преподавать в 1764 г. Значительную роль в развитии Московской анатомической школы сыграл С.Г. Зыбелин (1735–1802). Известен его труд «Слово о сложении тела человеческого и о способах, как оные предохранить от болезней» (1777).
В XVIII в. опубликованы многочисленные работы по анатомии. Д.И. Иванов (1751–1821), ученик С.Г. Зыбелина, издал труд «О происхождении межреберных нервов», где описал анатомию симпатического ствола (1781). А.М. Шумлянский (1748–1795) защитил диссертацию «О строении почек», в которой более чем на полвека ранее английского ученого В. Боумена представил данные о строении извитых канальцев почки и капсулы клубочка. Широкую известность приобрел «Анатомо-физиологический словарь», подготовленный в 1783 г. Н.М. Амбодик-Максимовичем (1744–1812). В 1812 г. Е.О. Мухин (1766–1850) опубликовал «Курс анатомии», а также восстановил при кафедре анатомии Московского университета анатомический музей, разрушенный в период войны 1812 г. Большой вклад в развитие анатомии внес Д.Н. Зернов (1843–1917), написавший известный учебник по анатомии. Он изучал анатомию органов чувств, кору головного мозга, собрал коллекцию аномалий развития человека.
Основоположник Петербургской анатомической школы — П.А. Загорский (1764–1846) изучил вопросы тератологии, взаимосвязи между строением и функциями органов. Его ученик И.В. Буяльский (1789–1866) опубликовал «Анатомо-хирургические таблицы» и учебник по анатомии, разрабатывал методы бальзамирования трупов.
Основоположником клинической анатомии признан Н.И. Пирогов (1810–1881), создавший при Медико-хирургической академии Анатомический институт. Н.И. Пирогов разработал оригинальный метод исследования тела человека на распилах замороженных трупов («Ледяная анатомия»). Общепризнан труд Н.И. Пирогова «Топографическая анатомия, иллюстрированная разрезами, проведенными через замороженное тело человека в трех направлениях» (1852–1859). Он представил ценные сведения по анатомии фасций, клетчаточных пространств, артерий, мышц, опубликовал труды «Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций» (1838), «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела» (1843–1848) и многие другие.
Одним из основоположников российской теоретической анатомии был П.Ф. Лесгафт (1838–1909), который в 1884 г. издал руководство «Основы теоретической анатомии». Представления об анатомии детского возраста успешно развивал Н.П. Гундобин (1860–1908). Под его руководством было защищено 114 диссертаций, материалы которых вошли в его труд «Особенности детского возраста» (1906). Существенный вклад в представления о возрастных особенностях строения тела у детей внес Ф.И. Валькер (1890–1954).
В развитии экспериментальной анатомии велики заслуги В.Н. Тонкова (1872–1954), возглавлявшего кафедру анатомии Военно-медицинской академии. Он опубликовал учебник по анатомии, известен работами по коллатеральному кровообращению, кровоснабжению нервов, эмбриологии, изучению костей методом Рентгена. Его ученик Б.А. Долго-Сабуров (1900–1960) известен трудами «Анастомозы и пути окольного кровообращения у человека» (1956), «Иннервация вен» (1959) и др.
Вопросам анатомии лимфатической системы большое внимание уделял Г.М. Иосифов (1870–1933). Его выдающийся ученик Д.А. Жданов (1908–1971) внес значимый вклад в развитие лимфологии, опубликовал книги «Функциональная анатомия лимфатической системы» (1940), «Хирургическая анатомия грудного протока и главных коллекторов и узлов туловища» (1940) и др. Учение об индивидуальной анатомической изменчивости органов и систем разрабатывал В.Н. Шевкуненко (1872–1852). Известны труды П.И. Карузина (1864–1939): «Руководство по пластической анатомии» (1921), «Словарь анатомических терминов» (1928). Г.Ф. Иванов (1893–1955) опубликовал ряд книг по анатомии, двухтомное руководство «Основы анатомии человека» (1949). В.В. Кованов (1909–1995) разрабатывал вопросы анатомии фасций и клетчаточных пространств. С.С. Михайлов (1919–1992) известен работами по анатомии нервов и сосудов. В.В. Куприянов (1912–2006) внес большой вклад в изучение вопросов микроциркуляции. Б.А. Никитюк (1933–1998) создал и возглавил научную школу по вопросам медицинской антропологии и спортивной морфологии. М.Р. Сапин (1925–2015) известен своими трудами по анатомии органов иммунной системы, сформулировал концепцию о принадлежности лимфатической системы к иммунной системе, опубликовал многочисленные учебники и атласы по анатомии. Значительный вклад в развитие представлений о лимфатической системе внес Ю.И. Бородин (1929–2018), структурные особенности костной ткани успешно изучал Ю.И. Денисов-Никольский (1932–2018). Конструкции сфинктеров внутренних органов посвящены работы Л.Л. Колесникова (1940–2018). Авторитетные анатомы, много сделавшие для развития науки, — М.Ф. Иваницкий, Б.В. Огнев, Г.Е. Островерхов, М.Г. Привес и др. В настоящее время в России успешно и плодотворно действует Научное медицинское общество анатомов, гистологов и эмбриологов. Отечественная анатомия находится на подъеме. Проводятся многочисленные исследования, достигнуты значимые результаты для развития анатомической науки и практической медицины.