7.1. Характеристика BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) позволяет быстро сравнить последовательности запроса с БД последовательностей. Является фундаментальным для понимания родства любой запрашиваемой последовательности и других известных белков или DNA-последовательностей (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).
Основные инструменты размещены на главной странице сервиса (рис. 7.1):
► nucleotide BLAST (blastn) - запрос - нуклеотидная последовательность, поиск ведется по базе нуклеотидных последовательностей;
► protein BLAST (blastp) - запрос - белковая последовательность, поиск ведется по базе белковых последовательностей.
&hide_Cookie=yes)
Рис. 7.1
На рис. 7.2 представлены специальные возможности BLAST.
&hide_Cookie=yes)
Рис. 7.2
Таблица 7.1. Инструменты BLAST
| | | |
| Нуклеотидная последовательность - нуклеотидные последовательности | Нуклеотидная последовательность - нуклеотидные последовательности | megablast: для идентификации последовательностей, внутривидового сравнения; blastn: для поиска с короткими последовательностями запроса, межвидового сравнения |
| Белковая последовательность - белковые последовательности | | blastp: идентификация последовательности и поиск подобий; DELTA-BLAST: более высокочувствительный, чем blastp-поиск подобных белков; PSI-BLAST: итеративный поиск для позиция-специфичных матриц или идентификации отдаленных родственников для семейства белков; PHI-BLAST: выравнивание белков с вводом паттерна как ограничителя |
Окончание табл. 7.1
| | | |
| Нуклеотидная последовательность (транслированная) - белковые последовательности | | blastx: для идентификации потенциальных белковых продуктов, кодируемых нуклеотидным запросом |
| Белковая последовательность - нуклеотидная последовательность (транслированная) | | tblastn: для определения последовательностей БД, кодирующих белки, похожие на запрос |
| Нуклеотидная последовательность (транслированная) - нуклеотидные последовательности (транслированные) | | tblastx: для определения нуклеотидных последовательностей, аналогичных запросу, на основе их потенциала кодирования |
Домашняя страница BLAST состоит из нескольких секций, каждая предлагает определенный набор функций (рис. 7.3).
1. Общий заголовок (цифра 1) обеспечивает легкий доступ к другим контентам или функциям, напрямую не обозначенным на главной странице.
2. Список Recent Results (цифра 2) - набор ссылок на предыдущие результаты поиска.
3. Страницы с web-формами для подтверждения поиска перечислены как ссылки в центре главной страницы BLAST. Эти ссылки организованы в три категории: Web BLAST (3, основной BLAST), BLAST Genomes (4, поиск для геномов) и Specialized searches (5, специализированные поиски).
4. Окно поиска (6) в секции BLAST Genomes предполагает наименование организма в качестве запроса и выдает перечень кандидатов. Выбор из этого списка и нажатие кнопки Search предоставляют лучшие геномные последовательности выравнивания BLAST.
Страница Recent Results
Страница результатов BLAST (рис. 7.4) доступна в течение 36 ч. Таблица Recent Results демонстрирует перечень недавно представленных результатов поиска, которые не истекли. Этот перечень является сессия-специфичным и будет потерян, если cookie сеанса очищает-