Мир бактерий насчитывает более 5000 видов, при этом число вновь открытых микроорганизмов постоянно возрастает. Бактерии, являясь одноклеточными безъядерными существами, могут объединяться между собой, их взаимосвязанные и взаимоподчиненные сообщества способны создавать упорядоченную систему, в каждом конкретном случае характерную для определенного биотопа, в том числе в различных органах и тканях человека. Наиболее обширное представительство бактерий в организме человека отмечают в желудочно-кишечном тракте (ЖКТ), а именно в его кишечнике.
Кишечник человека в основном заселяют разнообразные группы аэробных, анаэробных, грамположительных и грамотрицательных бактерий, заключенных в биопленку - экзополисахаридно-муциновый матрикс [1]. Кишечная микробиота, в основной своей массе иммобилизованная в структуре биопленок, в этом случае становится сложной метаболической системой симбионтного пищеварения, выполняющей многие взаимополезные функции, обусловленные ее ферментативной активностью и способностью активировать реакции врожденного иммунитета [2]. Лауреат Нобелевской премии J. Lederberg предложил термин «микробиом» для обозначения всего генетического материала, содержащегося в микробиоте кишечника человека [3]. Численность генов «микробиома» на 3 порядка выше, чем собственных генов организма человека, что послужило основанием рассматривать совокупность всех микроорганизмов в качестве «суперорганизма» или «надорганизма» [4].
У людей, согласно современным данным, обнаруживается три типа кишечной микробиоты: Prevotella-enterotype, Bacteroides-enterotype и Ruminecoccus-enterotype. В результате исследований выявлена взаимосвязь между численностью каждого таксона бактерий и характером питания людей. У сельских жителей и вегетарианцев наиболее часто встречается энтеротип Prevotella-enterotype - типичный для лиц с саха-ролитической (углеводной) диетой. Bacteroides-enterotype доминирует у населения, потребляющего животную пищу, обогащенную белками, аминокислотами, насыщенными жирными кислотами, типичную для любителей восточной кухни. Ruminecoccus-enterotype характерен для лиц, употребляющих разнообразную пищу. Во всех энтеротипах среди всех видов индигенных микроорганизмов 30% составляют бактерии рода Bacteroides, играющие важную роль в метаболических процессах организма человека. При этом энтеротипы могут варьировать в зависимости от разнообразия пищевых продуктов [5].