Одна из важнейших функций системы HLA, которая тесно связана и с ее основной (или, возможно, более известной) функцией - контроль иммунного ответа, является ее участие в репродукции человека.
Исследования в области физиологической роли HLA начались уже в 1960-1970-х годах практически одновременно с работами по изучению возможностей использования доступных в то время методов HLA-типирования при селекции пар донор-реципиент в клинической трансплантологии. Одной из основных предпосылок начала этих исследований стали идеи относительно того, что поскольку плод можно рассматривать как «природный аллотрансплантат», то такого рода работы могут, с одной стороны, быть полезными в плане изучения возможности индукции толерантности - цели клинических трансплантологов, - а с другой стороны, могут дать ответ на вопросы, связанные с такими видами акушерской патологии, как привычное невынашивание беременности и бесплодие неясной этиологии. При этом была популярна точка зрения, согласно которой указанные осложнения беременности могли быть связаны с высоким уровнем тканевой несовместимости матери и плода, т.е. предполагалась возможность прямой аналогии с трансплантационным иммунитетом.
За прошедшие годы эта точка зрения изменилась на прямо противоположную, а по иному и не могло быть, поскольку беременность является физиологической функцией организма, в основе которой лежит временная иммунологическая толерантность матери к плоду. Напротив, сама по себе трансплантация отнюдь не является физиологической процедурой. В действительности же физиологическим проявлением функции иммунитета является отторжение трансплантата.
В настоящее время известно, что репродуктивный этап жизнедеятельности млекопитающих, в том числе человека, является одним из наиболее ярких примеров того, как гены иммунного ответа, и в первую очередь гены главного комплекса тканевой совместимости, обеспечивают генетическое разнообразие животного мира. Установлено, что мыши, крысы и ряд других животных распознают своих сексуальных партнеров из числа сородичей и осуществляют дифференциацию между ними именно с помощью молекул МНС. Причем мыши и крысы дифференцируют различие не только на уровне молекул МНС класса I других животных, но и «улавливают» даже точечные мутации в этих молекулах, т.е. различия на уровне SNP. Не совсем ясно, различаются ли сами полиморфные фрагменты молекул МНС I или одоранты, избирательно переносимые антигенами МНС класса I в мочу животных. Данная функция системы МНС у животных служит снижению инбридинга популяции животных, так как наличие аналогичных собственным антигенам МНС класса I служит табу для сексуального контакта между животными. Так, в работе P.W. Hedrick было установлено, что самки мышей предпочитают самцов, отличающихся от них по MHC, что фактически приводит к уменьшению пропорции гомозигот, усиливая генетический полиморфизм в популяции мышей [19]. Таким образом, у животных молекулы MHC служат переносчиками пахучих веществ - феромонов, которые влияют на индивидуальное распознавание, выбор партнера, гнездовое поведение и селективный блок беременности. При этом роль различных молекул МНС не ограничивается функцией пассивного переноса, а влияет на экспрессию запаха [21].