В 1899 г. Л. Детре-Дейтч, сотрудник лаборатории И. И. Мечникова в Институте Пастера, предложил для обозначения веществ, вызывающих образование антител, термин «антиген».
Термин «антиген» используется в двух случаях. Во-первых, так называют молекулы, которые индуцируют иммунный ответ (эти молекулы называют еще иммуногенами). Во-вторых, антигенами называют молекулы, реагирующие с антителами или примированными Т-лимфоцитами. При этом не имеет значения, способны ли эти молекулы сами по себе индуцировать образование таких антител или Т-лимфоцитов. Если мыши ввести ее собственные эритроциты, то никаких антител, естественно, образовываться не будет. Если же ей ввести эритроциты крысы, то образуются антитела не только к крысиным, но и к мышиным эритроцитам, которые начинают связываться с собственными клетками животного. В этом случае эритроциты мыши выступают как антиген, поскольку связывают антитела, хотя сами по себе вызвать их образование не могут. Другой пример - гаптены, низкомолекулярные химические вещества известного строения, такие как динитрофенил или метааминобензолсульфонат. Сами по себе гаптены не иммуногенны. В то же время они реагируют с антителами, образование которых было индуцировано гаптеном.
Кроме антигенов, способных индуцировать иммунный ответ, необходимо выделить чужеродные вещества белковой природы, не обладающие иммуногенностью, - суперантигены, которые могут связываться с β-цепью молекул антигенраспознающего рецептора на Т-лимфоцитах. Данная часть молекулы ТКР не участвует в презентации антигенного пептида, но является общей для достаточно большого количества Т-лимфоцитов (около 20%). В результате такого взаимодействия происходит активация большого количества Т-лимфоцитов по сравнению со стимуляцией их специфическим антигеном (менее 0,1%). Суперантигены также презентируются Т-лимфоцитам с помощью молекул МНС II класса на поверхности антигенпрезентирующей клетки. Однако суперантигены после их захвата АПК не подвергаются процессингу и действуют как целая молекула.