Процесс становления отечественного здравоохранения, начавшийся в XVI в., проходил в недрах российской государственности. В царствование Ивана IV на Стоглавом соборе 1551 г. впервые была провозглашена необходимость государственной заботы о больных и немощных.
До середины XIX в. здравоохранение в России носило преимущественно государственный характер. Непрекращающиеся эпидемии, наносившие ущерб трудовым ресурсам страны, ее экономике, международному престижу и представлявшие опасность как для бедных, так для и привилегированных слоев населения, усугублявшие социальную напряженность в стране, заставляли правительство систематически заниматься проблемами здравоохранения. Преобразования в области здравоохранения всегда являлись частью крупных социально-политических реформ.
Первым центральным органом государственного управления здравоохранением стал созданный в последние годы правления Ивана IV Аптекарский приказ, который в эпоху Петра I сменила Медицинская канцелярия во главе с врачом-архиятром. Созданная в 1763 г. Медицинская коллегия к концу столетия, по существу, превратилась в подлинное министерство здравоохранения. Важнейшим достижением ее стало учреждение губернских управ (1797) - местных органов управления здравоохранением. Вследствие министерской реформы начала XIX в. управление здравоохранением перешло в ведение Министерства внутренних дел, руководство здравоохранением было рассредоточено по нескольким его подразделениям - все это значительно снизило компетентность и профессионализм руководства здравоохранением. Медицинский департамент в структуре Министерства внутренних дел существовал до 1904 г., когда вместо него было создано Управление главного врачебного инспектора и Управление местного хозяйства. Как показало время, реформа имела много недостатков, главным из которых было разделение материальной базы здравоохранения и лечебной работы.