Установление в конце XIX в. причинно-следственной связи между отдельными формами воспаления легких и рядом так называемых респираторных микроорганизмов - Klebsiella pneumoniae (палочка Фридлендера), Streptococcus pneumoniae (диплококк Пастера-Стернберга), Hemophilus influenzae (палочка Афанасьева- Пфейфера), а затем и другими патогенами стало фундаментальным открытием в учении о пневмонии и послужило отправной точкой в создании современной микробиологической и этиологической классификации заболевания. Со временем список возбудителей пневмонии все более расширялся и, похоже, этот процесс продолжится в будущем.
Уместно упомянуть некоторые из обнаруженных недавно возбудителей пневмонии: Legionella pneumophila - 1977 г.; Chlamydia pneumoniae - 1989 г.; Hantaviruses - 1993 г.
В 1937 г. J.G. Scadding описал четыре случая необычного течения инфекции нижних дыхательных путей, употребив для ее обозначения термин «диссеминированная фокальная пневмония». Практически одновременно с ним H.A. Reimann (1938) представил наблюдения за 8 пациентами со своеобразной клинической картиной нетяжелого респираторного заболевания, весьма близкой к таковой при патологии, именуемой диссеминированной фокальной пневмонией: сухой кашель, затрудненное дыхание и одышка, осиплость голоса, цианоз, заторможенность, профузная потливость, диффузная мелкоочаговая пневмоническая инфильтрация. Позже при попытке этиологической верификации этих случаев заболевания, для обозначения которого H.A. Reimann предложил использовать термин «атипичная пневмония», был выделен фильтрующийся патоген (Eaton agent), ставший затем известным как Mycoplasma pneumoniae.
Таким образом, термин «первичные атипичные пневмонии» вошел в практику в 40-е годы XX в. и использовался для характеристики пневмоний, плохо поддающихся лечению сульфаниламидными препаратами и пенициллином, с интерстициальным или сегментарным поражением, более легкого течения, чем типичная пневмококковая долевая пневмония.