Заражение МБТ, устойчивыми к противотуберкулезным препаратам, так же и как чувствительными к ним, чаще всего происходит через дыхательные пути (аэрогенно) при контакте с заразным больным, который с мокротой выделяет во внешнюю среду МБТ, содержащиеся в капельных ядрышках. Причем только менее 10% этих частиц размером до 5 мкм попадают в альвеолы и вызывают заражение. Подавляющее большинство остальных более крупных частиц оседает на слизистой оболочке верхних дыхательных путей, их удаление происходит с помощью мукоцилиарного клиренса. Клиренс обеспечивается секретом, содержащим лизоцим, протеазы, сурфактант, иммуноглобулин А (IgA), которые опсонируют МБТ и движением ресничек эпителия выводят их из организма.
При аэрогенном заражении МБТ, достигшие альвеол, подвергаются фагоцитозу альвеолярными макрофагами. Макрофаги фиксируют микобактерии на клеточной мембране, затем погружают (инвагини-руют) их в цитоплазму клетки с образованием фагосомы.
Фагосомо-лизосомальные комплексы возникают в результате слияния фагосомы, содержащей МБТ, с лизосомами. Последние представляют собой весьма сложный комплекс органелл, содержащих в своих мембранах большое число ферментов, способных разрушать самые различные макромолекулы. Оптимальные условия для функционирования этих ферментных систем обеспечены благодаря слабой кислотности среды внутри лизосом (рН около 5). В поддержании подобной кислотности важная роль принадлежит АТФ-зависимому ионному насосу. Считают, что МБТ, фагоцитированные макрофагами, разрушаются в фагосоме этих клеток под воздействием различных лизосомальных ферментов в результате слияния фагосомо-лизосомного комплекса.
Однако МБТ, попадая в макрофаги, могут сохраняться в фаго-сомах и даже продолжать размножение. При этом фагоцитоз носит незавершенный характер. В тех случаях, когда процесс переваривания микобактерий блокируется, происходит разрушение макрофагов