Классификация грибов до настоящего времени остается несовершенной и незавершенной. Ранее грибы считали организмами, ближе всего стоящими к растениям, и классифицировали их как низшие растения. Основные таксоны, включающие группы грибов, назывались отделами. Большинство грибов, имеющих медицинское значение, относили к Fungi imperfecti. При обнаружении половой стадии развития этих грибов их относили к одному из отделов совершенных грибов (Ascomycota или Basidiomycota). В литературе многие авторы до сих пор придерживаются этой системы классификации грибов.
Затруднения в классификации связаны и с использованием разных родовых названий телеоморфных (половые) и анаморфных (бесполые) стадий развития грибов, что допускается Международным кодексом ботанической номенклатуры. Например, анаморфная стадия гриба Cryptococcus имеет родовое название Cryptococcus neoformans, а телеоморфная - Filobasidiella neoformans. Достижения последних лет в области молекулярной генетики показали, что «родственные связи» между грибами установить крайне сложно.
Царство Mycota объединяет две группы организмов: грибоподобные протоктисты и истинные грибы (Fungi) (схема 1). Первая группа представлена следующими отделами: Myxomycota, Plasmadiophoromycota, La byrinthulomycota, Oomycota, Hyphochytriomycota, Chytridiomycota. Вторая группа представлена отделами: Zygomycota, Ascomycota и Basidiomycota, а также «несовершенными грибами» (Мюллер Э. и Леффлер В., 1995). К этой группе относится большинство патогенных и условно-патогенных грибов. Внутри отделов грибы, согласно классификации, разделены на классы, порядки и семейства.
Отдел Zygomycota объединяет два класса - Zygomycetes и Tri chomycetes. Медицинское значение имеют представители класса Zygomycetes как возбудители зигомикоза.