Главный комплекс гистосовместимости (ГКГ) и его продукты занимают центральное место в клеточной иммунологии, в патогенезе аутоиммунных заболеваний. ГКГ человека, известный также как область человеческого лейкоцитарного антигена - HLA содержит более 150 локусов общим размером около 4 Мб (мегабаза - единица длины молекулы ДНК, равная миллиону пар оснований) и расположен на коротком плече 6-й хромосомы.
Комплекс разделен на 3 области, каждая из которых содержит гены, кодирующие различные функции иммунного ответа. Гены, расположенные в области III класса, находятся между HLA I и II классов. Они не оказывают прямого влияния на представление антигена для узнавания Т-клетками, но включают гены, кодирующие молекулы, которые играют роль в иммунном ответе: ГКГ, компоненты комплемента С2 и С4, фактор В, фактор некроза опухоли (ФНО). Одним из принципиальных прорывов в понимании сущности молекул ГКГ стало определение структуры молекул ГКГ I и II класса методом рентгенокристал-лографии.
В ГКГ человека различают области I, II и III классов. Область класса I на те-ломерическом конце комплекса содержит HLA-А, -В и -С, являющиеся классическими генами ГКГ класса I. К классу I относят также неклассические локусы этого класса - HLA-Е, -F и -G. Эти гены обладают меньшим полиморфизмом, чем HLA-А, В и С, кодируют молекулы, родственные классу I; функции этих молекул неизвестны, распространение в тканях ограниченно. Идентифицировано 213 аллелей HLA класса I. Три «классических» HLA-молекулы класса I (HLA-А, -В и -С) находятся почти на всех типах клеток человеческого тела. Экспрессия HLA класса I снижена в клетках центральной нервной системы. Молекулы представляют антигены внутриклеточного происхождения. ТАР-гены локализованы между двумя генами HLA класса I. Продукты двух ТАР-генов, ТАР1 и ТАР2, выполняют функцию транспортеров, ассоциированных с процессингом антигенов, принимают участие в транспорте пептидов из цитоплазмы в эндо-плазматический ретикулум.