Клинические признаки характеризуются высыпанием на лице, особенно веках, носу, шее, груди, коже наружных половых органов, реже на всем кожном покрове одиночных или множественных узелков диаметром 0,2–0,5 см, которые иногда достигают размеров 1,5 см и более. У детей образования чаще локализуются на лице, туловище и конечностях, у взрослых — на коже нижней части живота, лобка, внутренней поверхности бедер, коже наружных половых органов. В редких случаях поражаются слизистые оболочки. Поражение век может сопровождаться конъюнктивитом.
Элементы контагиозного моллюска представляют собой узелки полушаровидной или слегка уплощенной формы, плотные, безболезненные, цвета нормальной кожи или бледно-розового цвета, нередко с восковидным блеском, с пупковидным углублением в центре. Располагаются изолированно на неизмененной коже, реже окружены слабовыраженным воспалительным ободком. При сдавлении узелков с боков из центрального отверстия выделяется белая, крошковатая (кашицеобразная) масса, состоящая из ороговевших клеток — «моллюсковых телец».
В подавляющем большинстве случаев данные высыпания не сопровождаются субъективными ощущениями и представляют для пациента лишь косметическую проблему. Обычно заболевание является самоограничивающимся и морфологические элементы даже без лечения самопроизвольно исчезают спустя несколько месяцев. Однако очень часто, особенно у детей, встречается затяжное течение контагиозного моллюска (от 6 месяцев до 5 лет) как результат аутоинакуляции возбудителя из имеющихся морфологических элементов при ослаблении иммунной системы.