Постепенное развитие симптомов и недостаточно точные данные физикального исследования при разных формах ДМПП часто приводят к поздней постановке диагноза, вследствие чего увеличивается риск развития легочной артериальной гипертензии, аритмии, парадоксальной эмболии. Ложноположительный диагноз ДМПП бывает либо при явном перерыве эхосигнала на двухмерной ЭхоКГ или при неправильной интерпретации цветным допплером потоков крови из полых вен как сброса крови. Использование контрастной ЭхоКГ или чреспищеводной ЭхоКГ помогает избежать ложноположительных интерпретаций. Пациенты с частичным аномальным дренажом легочных вен без ДМПП будут иметь перегрузку объемом ПЖ, что может быть ложно интерпретировано как ДМПП, однако не скажется на тактике дальнейшего лечения.
Ложноотрицательные диагнозы достаточно часты у взрослых пациентов при трансторакальных изображениях плохого качества, особенно у пациентов с дефектом венозного синуса [248]. Пациентам, которым по результатам транcторакальной ЭхоКГ не удалось объяснить перегрузку объемом ПЖ, необходимо выполнить чреспищеводную ЭхоКГ или другое визуализирующее исследование для полной оценки предсердной перегородки и легочных вен, а также для выявления дефектов крыши венечного синуса.