После ориентации, описания, маркировки краев и фиксации (при небольшом объеме образца его лучше фиксировать целиком) препарат разрезается параллельными разрезами на пластины толщиной 5-10 мм. При выявлении патологического очага он описывается, запускается в работу вместе с прилежащими тканями и краями резекции.
При отсутствии макроскопически выявляемых изменений количество блоков определяется размером образца, может исследоваться до 10 блоков. Препараты размером около 30 мм запускаются в проводку тотально. Наличие хирургической метки позволяет сориентироваться с зоной изменений, ее необходимо исследовать тотально. При плохо визуализируемых образованиях целесообразно маркировать блоки последовательно (например, «от латерального края к медиальному с шагом 5 мм: пластина I. пластина II с ближним краем резекции, пластина III с клипсой, пластина IV»), чтобы при необходимости можно было измерить очаг поражения. Важно исследовать ближний край резекции.
Выполнение срочного гистологического исследования для дифференциальной диагностики патологического очага, выявленного при маммографии, недопустимо. При микроскопическом исследовании необходимо отразить характер выявленных изменений, их соответствие маммографическим находкам. При обнаружении очагов инвазивной или in situ карциномы или другой злокачественной опухоли необходимо указать ее вариант, степень дифференцировки. размер поражения и расстояние до краев резекции (как минимум до ближнего) соответственно анатомической маркировке.