Анализ секционного материала умерших от ИК ВИЧ-инфицированных пациентов показывает, что в большинстве случаев (72,2%) имеет место смешанная грибково-бактериальная флора: Candida spp. в сочетании с Esherichia coli, Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Klebsiella pneumonia, Enterococcus spp., Citrobacter spp., Acinetobacter, Ps.aeruginosae; в 28,5% - с микобактериями туберкулеза.
Патоморфологические изменения, наблюдаемые в тканях при ИК, разнообразны и зависят в большей степени от характера выявленной микрофлоры, чем от давности заболевания и остроты патологического процесса. Если ИК развивается у пациентов на фоне бактериальной инфекции, то патоморфологические изменения выражаются преимущественно в виде альтеративного (экссудативно-некротического) воспаления с формированием гнойных очагов. В них среди некротических масс при гистологическом и бактериологическом исследованиях обнаруживаются структуры нитчатого псевдомицелия микромицетов рода Candida. Очаги некроза в тканях являются не проявлением «деятельности» микромицетов, а благоприятной средой для их размножения и развития.
В случаях сочетанного грибкового и туберкулезного поражения наблюдается отграничение очагов с образованием казеозного некроза в центре и продуктивного воспаления вокруг с формированием гранулем и наличием гигантских клеток типа инородных тел и Пирогова-Лангганса. Микромицеты рода Candida в их цитоплазме не выявляются.