Диагноз "Болезнь Лайма" можно считать обоснованным в случаях имеющихся эпидемиологических данных (пребывания в эндемичном очаге в весенне-летний период, факта присасывания или наползания клеща, длительности инкубационного периода), наличие мигрирующей эритемы вокруг места присасывания клеща, а также особенностей клинической картины и динамики развития, свойственной данному заболеванию. Облегчает диагностику обнаружение боррелий в присосавшемся клеще.
В связи с выраженным клиническим полиморфизмом заключительный диагноз как острой, так и хронической стадии болезни Лайма должен быть подтвержден специфическими методами лабораторной диагностики -иммунологическими, молекулярно-генетическими исследованиями.