Для болезни Шёгрена характерен аутоиммунный генез. Основные аутоиммунные феномены включают очаговую лимфоплазмоцитарную инфильтрацию эпителиальных желёз и поликлональную Вклеточную активацию с образованием органоспецифических/неспецифических аутоантител, поликлональных и моноклональных иммуноглобулинов, преимущественно IgМ.