Большинство исследователей рассматривают болезнь Шёгрена как следствие иммунопатологических реакций на вирусные антигены. Выделение вирусных частиц из поражённой ткани слюнных желёз, наличие антивирусных антител в крови при болезни Шёгрена, выявление феномена молекулярной мимикрии между вирусами и аутоантигенами позволяют предполагать возможное участие вирусов в развитии данного заболевания. Обсуждают этиологическую роль вирусов, обладающих сиалотропным (цитомегаловирус, вирус Эпштейна-Барр, вирус герпеса 6го типа) и лимфотропным (ВИЧ, Тлимфотропный вирус человека I типа) действием. Тем не менее прямых доказательств вирусной этиологии заболевания не существует.